Il servizio prevede campionamenti ed analisi delle comunità dei macroinvertebrati per la determinazione di indici biologici (Indice Biotico Esteso I.B.E., indice STAR-ICMi) e della comunità delle diatomee bentoniche (liste floristiche, indice ICMi). Vengono elaborati indici sulla qualità chimica delle acque (Livello inquinamento da Macrodescrittori LIM, LIMeco).